В 1990 году Yamaha представила полностью обновлённую версию XT600E (код 3TB) - с электростартером, новой рамой (выхлопная труба стала несущим элементом), 13.9-литровым баком, новым дизайном и без тахометра. Масляный бак перенесли из-под левой крышки в пространство за рулевой колонкой. Алюминиевые колёса уступили место хромированным стальным.
Одновременно выпускалась версия XT600K с кик-стартером, но в остальном идентичная XT600E. Мощность двигателя составляла 44 л.с. (33 кВт) при 6500 об/мин, крутящий момент - 50 Нм при 5500 об/мин. Сухой вес вырос до 155-156 кг. Размеры шин изменились на 90/90-21 спереди и 120/90-17 сзади.