С 1995 года Yamaha XT600E выпускалась с пониженной мощностью - 34-39 л.с. (25-29 кВт) из-за ужесточения экологических норм. В конструкцию вернули тахометр, управление сцеплением перенесли с левой на правую сторону картера, а глушитель перестал быть частью задней подрамной конструкции. Объём топливного бака увеличили до 15 литров.
В 1997 году вышла версия VJ01, а в 1999 - DJ02 (с незначительными обновлениями). Производство модели завершилось в 2003 году. На смену пришли XT660R, XT660X и XT660Z Tenere. Несмотря на снижение мощности, надёжность двигателя осталась прежней - многие экземпляры проезжали без капремонта более 100 000 км.