Yamaha XT125X - это супермото-версия модели XT125R, выпускавшаяся с 2005 по 2012 год. Мотоцикл разделял двигатель, раму и обвес с эндуро-версией, но имел совершенно другие колёса, шины, переднюю подвеску и тормоза. Стилистически модель была выполнена в духе старшей XT660X.
Главные отличия: 17-дюймовые колёса спереди и сзади (размерность шин 100/80-17 и 130/70-17), увеличенный передний тормозной диск 260 мм, изменённые передние вилки с ходом 175 мм, угол наклона вилки 26,7° (против 28° у XT125R) и след 78,33 мм. Высота по седлу снижена до 830 мм, дорожный просвет - 271 мм.
Двигатель - тот же 4-тактный одноцилиндровый SOHC объёмом 124 см³. Мощность 12,5 л.с. для моделей 2005-2008 годов и 9,78 л.с. для моделей 2009-2012 годов. Сухой вес - 106 кг, снаряжённый - 120 кг.