В 2009 году Yamaha провела рестайлинг модели X-City 250. Главные изменения коснулись эргономики и практичности: скутер получил четырёхпозиционное регулируемое ветровое стекло, позволяющее адаптировать защиту от ветра под рост водителя, и штатный задний багажник с нагрузочной способностью до 5 кг.
Колёсная база была увеличена с 1460 до 1470 мм, что положительно сказалось на курсовой устойчивости. Двигатель и трансмиссия остались прежними - 249-кубовый одноцилиндровый мотор мощностью 21 л.с. и вариатор CVT.
Доступные цвета включали Midnight Black, Fine Silver, Competition White и Stonehenge Grey. Скутер выпускался до 2016 года включительно, после чего был снят с производства в связи с переходом на стандарт Euro 4 и заменён моделью X-MAX.