Модификация 2012–2017 годов отличается от первой серии преимущественно цветовыми решениями. В 2012 году вместо чёрного глянца появился матовый чёрный (Matte Black 2), а боковые крышки вместо титанового напыления получили полированный алюминий. В 2013–2014 годах мотоцикл окрашивался в матово-серый металлик (Matte Grey Metallic 3).
В 2015 году представлен цвет Very Dark Red Metallic 2 (тёмно-красный металлик). В 2016 году Yamaha выпустила юбилейную версию 60th Anniversary с классическими гоночными полосами (speed blocks) на чёрном фоне и большим количеством чёрных деталей. В том же году появился цвет Dark Purplish Blue Metallic L (тёмно-синий металлик), который сохранялся до 2017 года.
В 2016 году модель была снята с продаж в Европе из-за несоответствия нормам Euro 4. В Японии производство завершилось в августе 2017 года. В Северной Америке продажи продолжались.