Вторая и последняя модификация Yamaha TZM50R, выпускавшаяся с апреля 1997 по 1999 год под кодом 4KJ3. Основное отличие от предыдущей версии - новая окраска Radical White с красными элементами и белые колёсные диски. Механическая часть осталась без изменений.
Производство завершилось в 1999 году, после чего Yamaha сосредоточилась на четырёхтактных моделях, таких как RZ50. Несмотря на снятие с производства, TZM50R остаётся популярным мотоциклом среди коллекционеров и участников мини-байковых гонок, где он продолжает успешно конкурировать с Honda NSR50.