С 2001 года Yamaha TW200 получила значительное обновление. Главное новшество - передний дисковый тормоз с 220-мм ротором и двухпоршневым суппортом, который пришёл на смену барабану. Одновременно исчез кикстартер - запуск стал только электрическим.
Также на мотоцикл начали устанавливать CV-карбюратор (постоянного разрежения), что улучшило плавность работы мотора. Появился автоматический натяжитель цепи ГРМ, зарядная система мощностью 55 Вт (вместо 35 Вт), сбрасываемый счётчик суточного пробега trip и новые электрические разъёмы. В 2002 году изменилась крышка бензобака (уменьшен диаметр), в 2009 году обновлена прокладка основания цилиндра, в 2017 году - задний амортизатор.
Модель продолжает выпускаться для рынков США и Канады, практически без изменений, с ежегодным обновлением цветовых схем.