В 2002 году Yamaha выпустила обновленную версию TW125 с заводским кодом 5RS1/5RS2. Основные изменения коснулись топливной системы - вместо карбюратора Y24P/1 был установлен TEIKEI MV28. Аккумулятор заменен на GT6B-3 (12V 6AH), фара стала галогенной 60/55 Вт.
Геометрия шасси была доработана: угол наклона вилки уменьшен до 25.83°, величина следа - до 93 мм. Колесная база увеличена до 1350 мм, высота по седлу - до 820 мм. Ход передней подвески сокращен до 150 мм. Снаряженная масса выросла до 127 кг.
Модель выпускалась до 2007 года включительно, после чего была снята с производства. TW125 осталась в истории как один из самых доступных и надежных трейловых мотоциклов для начинающих.