Финальная версия Yamaha TDM850 выпускалась с 1999 по 2001 год. Внешне модель не отличалась от Mk II 1996–1998 годов, но получила серьёзные технические доработки. Установлены новые карбюраторы Mikuni BDSR38 с улучшенной надёжностью и лучшим наполнением цилиндров. Топливный насос стал электрическим вместо вакуумного. Появился датчик дроссельной заслонки, благодаря чему блок управления точнее подбирал углы зажигания.
Приборная панель полностью обновлена: вместо механического спидометра установлен электронный, датчик температуры заменён указателем уровня топлива, добавлена кнопка аварийной сигнализации. Механический масляный щуп уступил место смотровому окошку. Усилено сцепление, сближены передаточные числа КПП. В результате мощность выросла до 83–84 л.с. при 7500 об/мин, крутящий момент - до 80,4 Нм при 6000 об/мин. Снаряжённая масса составила 232 кг. В 2001 году производство модели завершилось, на смену пришла Yamaha TDM900.