Yamaha T105SE - улучшенная версия Crypton, выпускавшаяся с 1999 по 2004 год. Главное отличие от базовой T105E - дисковый передний тормоз вместо барабанного, что обеспечивало более эффективное замедление. Из-за более сложной тормозной системы снаряжённая масса выросла до 101 кг. Модельные коды рамы: 5SD1 и 1D82.
Как и базовая версия, T105SE оснащалась 4-тактным одноцилиндровым двигателем воздушного охлаждения объёмом 101,8 см³. Мощность - 8,2 л.с., крутящий момент - 8,53 Н·м. Коробка передач - 4-ступенчатая с центробежным автоматическим сцеплением. Модификация поставлялась на рынки Индонезии, Аргентины, Мексики и других стран Латинской Америки.