С 1991 по 1996 год Yamaha RX100 выпускалась с модернизированной 12-вольтовой электросистемой и конденсаторным зажиганием CDI (Capacitor Discharge Ignition). Это единственное существенное техническое обновление за весь 11-летний цикл производства модели. Переход на 12V позволил улучшить качество зажигания, повысить надёжность и облегчить пуск двигателя.
К этому времени производство было полностью локализовано в Индии: маркировка Made in Japan на картере КПП исчезла, спидометры поставлялись компанией Pricol с логотипом Yamaha или Escorts. Технические характеристики двигателя, ходовой части и тормозной системы остались без изменений. Модель выпускалась до марта 1996 года, когда производство было прекращено из-за ужесточения экологических норм в Индии, не позволивших двухтактному двигателю соответствовать новым требованиям.