В 1998 году Yamaha выпустила обновлённую версию RT100 (код RT100K), которая отличалась изменённой конструкцией картера двигателя. Согласно каталогам запчастей, схема левой половины картера для 1998-1999 годов отличается от версий 1990-1997 годов. Модификации этой серии: RT100K (1998), RT100L (1999) и RT100M (2000).
Все модели этой серии окрашивались в цвет Deep Purplish Blue Solid E (глубокий пурпурно-синий). Технические характеристики остались без изменений: тот же 97-кубовый двухтактный двигатель, 5-ступенчатая КПП, барабанные тормоза и подвески с теми же ходами.
В 2000 году производство Yamaha RT100 было прекращено. Модель уступила место более современным внедорожным мотоциклам, но остаётся востребованной на вторичном рынке благодаря надёжности и простоте.