Первое поколение Yamaha RT100 выпускалось с 1990 по 1997 год и включало модификации RT100A (1990), RT100B (1991), RT100D (1992), RT100E (1993), RT100F (1994), RT100G (1995), RT100H (1996) и RT100J (1997). Все эти версии объединяет одинаковый дизайн картера и базовая конструкция.
Цветовые решения менялись по годам: в 1990 году предлагались белый и чёрный варианты, с 1992 по 1996 - Purplish White Solid 1, в 1997 - Ink Blue. Согласно некоторым источникам, ранние модели (до 1993 года) могли иметь 6-вольтовую электросистему, однако официальное подтверждение этому отсутствует.
Мотоцикл предназначался исключительно для бездорожья, не имел светотехники и зеркал. Управление простое и интуитивное, что делает его идеальным для обучения.