В 1997 году Yamaha внесла первые значительные изменения в конструкцию PW50: передняя вилка и задние амортизаторы получили масляное демпфирование вместо консистентной смазки. Это заметно улучшило плавность хода и управляемость.
В этот период модель официально переименовали из YZinger в PW50, хотя в некоторых регионах оба названия использовались параллельно. Цвета менялись - от белого с красными вставками и сине-белой гаммы (2000-е) до классического Team Yamaha Blue.
С 2005 года мотоцикл получил графику в стиле YZ-серии. В 2006 году модель вышла в цвете Deep Purplish Blue Solid E (тёмно-синий). Масса в снаряжённом состоянии составляла около 39 кг.