В октябре 2019 года Yamaha представила обновлённое второе поколение MT-25. Модель получила кардинально новый дизайн передней части с хищными диагональными LED-ходовыми огнями, центральной LED-фарой и воздухозаборниками, вдохновлённый старшими моделями MT-09 и MT-10. Передняя подвеска заменена на 37-мм перевёрнутую вилку KYB - это значительно улучшило управляемость и жёсткость при торможении.
Приборная панель стала более современной: новый LCD-дисплей с индикатором переключения передач. Все световые приборы - светодиодные (LED). В стандартную комплектацию вошли двухканальная ABS и аварийная сигнализация. Колёсная база осталась прежней, но габариты немного изменились: ширина увеличилась до 755 мм, высота - до 1070 мм. Снаряжённая масса выросла до 167-169 кг за счёт новой вилки и дополнительного оснащения.
В 2021-2023 годах модель обновлялась цветовыми решениями без технических изменений.