Третье поколение FZR600 стало самым значительным обновлением за всю историю модели. В 1993 году мотоцикл получил новый двигатель с увеличенным диаметром цилиндра (62 мм) и укороченным ходом поршня (49,6 мм) - мощность выросла до 100 л.с. при 11500 об/мин. Карбюраторы Mikuni BDST32 уступили место более производительным Keihin CVKD34 (4×34 мм). Заднее колесо стало 17-дюймовым с шиной 160/60, переднее - 120/60. Ёмкость топливного бака увеличилась до 19 л.
В 1993 году на короткое время вернулись два круглых фонаря, но уже в 1994 году вышла версия 4JH со знаменитой оптикой "лисьи глаза" (Foxeye) и обновлённым обтекателем. В 1995 году подвески получили полный набор регулировок. С 1995 по 1996 год эта версия также продавалась под именем Yamaha YZF600R Thundercat. В Европе производство завершилось в 1995 году, в Северной Америке модель выпускалась до 1999 года.