Yamaha FZ1 второго поколения выпускалась с 2006 по 2015 год. Модель получила полностью новый двигатель на базе мотора YZF-R1 2004–2006 годов с размерами 77x53,6 мм, степенью сжатия 11,5:1 и электронным впрыском топлива Mikuni с 45-мм дроссельными заслонками. Мощность - 150 л.с. при 11 000 об/мин, крутящий момент - 106 Н·м при 8 000 об/мин. По сравнению с R1 были изменены распредвалы, маховик утяжелён на 40%, а балансирный вал доработан - всё для улучшения тяги на средних оборотах.
Рама - алюминиевая литая алмазного типа, двигатель является силовым элементом конструкции. Передняя подвеска - 43-мм перевёрнутая вилка Kayaba с раздельными функциями демпфирования (сжатие - слева, отбой - справа), ход 130 мм. Задняя подвеска - моноамортизатор Kayaba с регулировкой преднатяга и отбоя, ход 130 мм. Тормоза: спереди два плавающих диска 320 мм с 4-поршневыми моноблочными суппортами Sumitomo, сзади диск 245 мм с 1-поршневым суппортом Nissin. Задняя шина - 190/50-ZR17.
В Европе предлагались две версии: полуобтекаемая FZ1-S Fazer (высота 1 205 мм, снаряжённая масса около 220 кг) и полностью голая FZ1-N (высота 1 060 мм, масса около 214 кг). В США поставлялась только полуобтекаемая версия. С 2008 года стала доступна опционная ABS (добавляла около 6 кг к массе). Также в Европе предлагалась туринговая версия FZ1 GT с полным обтекателем и боковыми кофрами.
За годы выпуска модель неоднократно дорабатывалась: в 2007 году смягчена пружина заднего амортизатора и обновлён впрыск, в 2010 и 2011 годах пересматривалась прошивка ECU, в 2014–2015 годах - окончательная калибровка блока управления для более плавной середины. В 2015 году производство завершено, модель заменена на Yamaha MT-10 (FZ-10).