В 2007 году Yamaha представила полностью новое поколение Jog под индексом CE50 (код шасси SA36J/SA39J). Модель стала первой в серии, получившей четырёхтактный двигатель - водяного охлаждения, SOHC, с тремя клапанами (два впускных, один выпускной) и электронным впрыском топлива. Мотор развивал 4,2 л.с. (3,1 кВт) при 8500 об/мин и 3,9 Н·м крутящего момента при 6500 об/мин.
Скутер был полностью переработан: увеличены габариты (1685×650×1035 мм), колёсная база выросла до 1160 мм, появился вместительный багажник под седлом (до 18 л), вмещающий полноразмерный шлем. Снаряжённая масса составила 84 кг. Передняя вилка получила масляные демпферы для улучшения комфорта.
Модель оснащалась системой G-Lock для блокировки заднего колеса, удобным расположением заливной горловины бензобака (без открывания седла), крючками для сумок и ключ-замком зажигания с шторкой.