С 1986 года Yamaha модернизировала BW200, добавив электростартер в дополнение к кикстартеру. Модификации получили индексы BW200S и BW200ES (1986), BW200ET (1987), BW200EU (1988-1989). Установка электростартера потребовала изменения конструкции картера двигателя, поэтому многие детали силовой установки не взаимозаменяемы с версией 1985 года.
В остальном характеристики остались прежними: 196-кубовый четырёхтактный двигатель, 5-ступенчатая коробка передач, барабанные тормоза и массивные ATV-шины. Модификации различались в основном цветовыми схемами и графикой. Мотоцикл выпускался до 1989 года включительно и был снят с производства, уступив место более дорожной версии TW200.