В 2006 году Suzuki выпустила третье поколение Skywave 250 с кардинально обновлённым двигателем и шасси. Новый 249-кубовый двигатель получил систему DOHC вместо прежней SOHC. Размерность цилиндра изменилась: 69.0 × 66.8 мм (вместо 73.0 × 59.6 мм). Мощность выросла до 26 л.с. (19 кВт) при 7500 об/мин, крутящий момент - 25 Н·м при 6000 об/мин.
Переднее колесо увеличилось до 14 дюймов с шиной 120/80-14, заднее осталось 13-дюймовым (150/70-13). Это улучшило устойчивость и управляемость. Рама стала более жёсткой, задняя подвеска получила прогрессивную link-конструкцию. Сухой вес вырос до 193 кг.
Скутер получил новое большое ветровое стекло, бесключевую систему зажигания (Key-Less Ignition System), а также (на некоторых версиях) подогрев рукояток. Багажный отсек вмещал два шлема. Это поколение стало последним для модели AN250 - выпуск завершился в 2007 году.