В 1995 году KTM провела серьёзное обновление модели. Главным изменением стала полная замена подвески: вместо White Power установили итальянские вилки Marzocchi Magnum спереди и шведский амортизатор Ohlins сзади. По отзывам прессы, это превратило KTM 550 MXC из аутсайдера по подвеске в лидера среди открытого класса.
Система зажигания была заменена с Motoplat на SEM. Мотоцикл получил двухкомпонентное сиденье (хотя оно по-прежнему оставалось очень жёстким). Выхлопная система включала три элемента: основной глушитель, предварительный глушитель и съёмный искрогаситель Answer Sparky для бездорожья.
В 1996 году модель выпускалась без существенных изменений. Производство было завершено в конце 1996 года из-за падения спроса на крупнообъёмные двухтактные мотоциклы.