KTM 540 SXS - эндуро-версия модели 540 с кикстартером. Выпускалась с 1994 по 1996 год. Отличалась от SXC отсутствием электростартера, что снижало вес и упрощало конструкцию. Мотоцикл был ориентирован на спортивное использование в соревнованиях по эндуро.
Двигатель - одноцилиндровый двухтактный объёмом 539 см³ с жидкостным охлаждением. Система питания - карбюратор. Коробка передач - 6-ступенчатая. Рама - хромомолибденовая. Подвески WP обеспечивали отличную управляемость на бездорожье.