Второе поколение Ninja 1000 (коды ZX1000L, ZX1000M) получило существенное обновление электроники. Главное новшество - трёхступенчатая система контроля тяги KTRC (Kawasaki TRaction Control) с режимами 1, 2 и 3, а также возможность полного отключения. Добавлены два режима мощности: Mode A (100% мощности) и Mode B (80% мощности).
Мощность двигателя выросла до 142 л.с. (104,5 кВт) при 10000 об/мин, крутящий момент - 111 Нм при 7300 об/мин. Тормозная система получила радиальные моноблочные суппорта Tokico. Подвеска была перенастроена с более жёсткими пружинами. Появился дистанционный регулятор преднатяга заднего амортизатора. ABS по-прежнему опциональна.