Модификация Kawasaki EL250SE Eliminator (Special Edition) появилась в 1988 году и выпускалась до 1996 года. Главное отличие от базовой версии - наличие полуобтекателя (bikini fairing) и нижнего плуга, что придавало мотоциклу более агрессивный вид. Версия SE была ориентирована преимущественно на японский рынок.
Заводские коды: EL250-A2 (1988), EL250-A3 (1989), EL250-A4 (1990), EL250-A5 (1994), EL250-A6 (1996). Цвет: преимущественно Ebony (чёрный). Сухой вес увеличен до 143 кг, снаряжённый - до 159 кг.