Вторая серия скутера Honda SFX50 выпускалась с 2000 по 2004 год. Она включала модификации с индексами Y (2000) и 1 (2001-2004). Внешне скутер получил обновлённую цветовую гамму и иную графику на пластиковых панелях.
Техническая начинка осталась прежней: двухтактный одноцилиндровый двигатель объёмом 49 см³ с воздушным охлаждением, мощностью 5,4 л.с., вариатор V-Matic, передний дисковый и задний барабанный тормоза. Размер шин на поздних версиях мог составлять как 90/90-10, так и 100/80-10.
К концу производства модель соответствовала более жёстким экологическим стандартам и была оснащена каталитическим нейтрализатором в глушителе. В 2004 году выпуск модели был прекращён.