В апреле 1993 года Honda провела обновление модели CRM50. Главное изменение - установка гидравлического дискового тормоза на заднее колесо, что заметно улучшило эффективность торможения и обслуживание. Внешне версию AD13 можно отличить по новым цветовым решениям и графике.
Дорожный просвет уменьшился с 280 до 270 мм, а снаряжённая масса выросла на 1 кг (до 84 кг) за счёт более тяжёлой тормозной системы. Ширина мотоцикла увеличилась с 760 до 765 мм. В 1994 году в стандартное оснащение добавили защиту рычагов сцепления и тормоза (накладки на руль - knuckle guards). Производство продолжалось до 1999 года, последняя версия носила обозначение CRM50 V.