Второе поколение Yamaha Zuma 50 с индексом YW50 выпускалось с 2002 по 2005 год и затем с 2008 по 2011 год. Модель получила новый 2-тактный двигатель Minarelli с горизонтальным расположением цилиндра, что позволило увеличить подседельное пространство. Производство было перенесено с завода MBK во Франции на завод Yamaha на Тайване.
Скутер получил узнаваемые двойные круглые фары ("жукоглазый" стиль), которые стали визитной карточкой модели. В 2006-2007 годах производство было приостановлено из-за ужесточения экологических норм, но в 2008 году модель вернулась с дополнительными системами снижения выбросов.
Двигатель оснащался карбюратором Teikei Y14P, системой зажигания CDI и раздельной системой смазки Autolube. Снаряжённая масса выросла до 94 кг. Модель стала самой продаваемой в своём классе в США и Канаде.