С 2003 года Yamaha Why 50 получил обновлённый двигатель Minarelli Horizontal Air 50 2T E2, соответствующий нормам Euro 2. Мощность составляла 3.3 л.с. (2.4 кВт) при 6500 об/мин, крутящий момент - 3.5 Нм при 6250 об/мин.
В 2003 году вышла версия с модельным кодом 5XS1 (SA03B), в 2004 - 5UB3 (SA03E), в 2005 - 5UB6, а с 2006 - 5UB8. Цветовая гамма включала Light Gray Metallic G, Dark Gray Metallic 8 и другие оттенки.
Yamaha Why 50 Euro 2 выпускался с 2003 по 2007 год. Эта версия получила обновлённый двигатель Minarelli Horizontal Air 50 2T E2, соответствующий экологическим нормам Euro 2. Мощность составляла 3.3 л.с. при 6500 об/мин, крутящий момент - 3.5 Нм при 6250 об/мин.
Скутер сохранил все ключевые особенности: автоматическую вариаторную трансмиссию, электронное зажигание CDI, электрический и кик-стартер. Тормозная система включала передний дисковый тормоз диаметром 220 мм и задний барабанный тормоз диаметром 110 мм.
Yamaha Why 50 Euro 3 (2008-2013)
Финальное поколение скутера, соответствующее нормам Euro 3. Мощность 3.0-3.3 л.с., снаряжённая масса 78 кг. Модельный код 5UB8 (SA03E). Выпускался до 2013 года.
Yamaha Why 50 Euro 1 (1999-2002)
Первое поколение с двигателем Minarelli Horizontal Air 50 2T E1, мощность 3.0-3.3 л.с., сухой вес 73 кг. Модельные коды: 5FV1, 5JB2, 5KG1, 5LD5, 5PF1, 5JB6, 5PF3, 5JB8.
