Первая версия Yamaha Raptor 90 дебютировала в 2009 году как полностью новая модель для юных райдеров. Квадроцикл получил 88-кубовый одноцилиндровый двигатель воздушного охлаждения с карбюратором SVR 22 мм, автоматическую трансмиссию CVT и электростартер с резервным кикстартером.
Отличительной чертой этой модификации была задняя дисковая тормозная система в сочетании с передними барабанными механизмами, а также компактная по сравнению с последующим поколением рама. Подвеска строилась на двойных А-образных рычагах спереди и маятнике сзади с небольшим ходом. После 2013 модельного года выпуск был приостановлен, и бренд временно отсутствовал в классе молодёжных ATV.