В 2006 году Honda провела серьёзное обновление TRX90. Главное новшество - появление электростартера в дополнение к кикстартеру. Это значительно упростило запуск двигателя, особенно для юных райдеров.
Дизайн пластика был полностью переработан: новый обвес выполнен в стиле старшей модели TRX450R, что придало квадроциклу более агрессивный и современный вид. Изменилась форма передней оптики и крыльев. Эргономика улучшена: изменена форма сиденья и расположение подножек.
Приборная панель получила новый дизайн. Подвеска была перенастроена для более комфортного хода. Двигатель и трансмиссия остались прежними, но были доработаны для повышения надёжности. В 2007-2008 годах также выпускалась версия TRX90EX с некоторыми отличиями в оснащении.