Базовая модификация TRX650FA выпускалась с 2003 по 2005 год без существенных конструктивных изменений. Квадроцикл оснащался 649-кубовым одноцилиндровым двигателем с жидкостным охлаждением, карбюратором Keihin CV 37 мм и автоматической 3-ступенчатой трансмиссией Hondamatic с гидротрансформатором.
Привод - selectable 2WD/4WD с системой TraxLok и передним дифференциалом с ограниченным проскальзыванием. Подвеска - независимая double wishbone спереди и сзади. Тормозная система: спереди - два гидравлических барабана, сзади - гидравлический диск. Цвета: красный, оливковый, жёлтый.