Второе поколение Yamaha NMAX 125 было представлено в конце 2020 года как модель 2021 года. Это был глубокий рестайлинг: скутер получил новую раму, полностью новый дизайн кузова со светодиодными фарами и габаритными огнями, увеличенный до 7,1 л топливный бак (запас хода около 300 км) и соответствие стандарту Euro 5.
Двигатель остался прежним по объёму (125 см³), но мощность была немного перенастроена: 12,2 л.с. (9 кВт) при 8000 об/мин и 11,2 Н·м при 6000 об/мин. Главные технологические новшества - система Start & Stop (автоматическое глушение двигателя на остановках с бесшумным перезапуском через Smart Motor Generator), контроль тяги (TCS), бесключевой доступ Smart Key и Bluetooth-модуль CCU для связи со смартфоном через приложение MyRide.
Снаряжённая масса выросла до 131 кг, колёсная база сократилась до 1340 мм, высота увеличилась до 1160 мм за счёт нового ветрового стекла. Задние амортизаторы получили регулировку предварительного натяга пружины. В 2023-2024 годах модель выпускалась без существенных изменений, доступная в цветах Ruby Red, Deep Blue, Milky White и Power Grey.