В 1989 году Yamaha внесла единственное заметное техническое изменение в конструкцию YX600 Radian: генератор был перенесён с задней части блока цилиндров на левый конец коленчатого вала. Это упростило компоновку и обслуживание, но сделало узел более уязвимым при падении мотоцикла на левый бок. Все остальные компоненты - двигатель, рама, подвеска, тормоза и колёса - остались без изменений.
Модель 1989 года получила коды 3LT1 (версия для 49 штатов) и 3LT2 (калифорнийская версия с системой снижения выбросов). В 1990 году вышла финальная партия с кодами 3LT3 и 3LT4, после чего модель была снята с производства. Прямого преемника Radian не получил - Yamaha сосредоточилась на других платформах, включая FZR и Diversion. Сегодня поздние версии 1989-1990 гг. ценятся коллекционерами чуть меньше ранних из-за уязвимости генератора, но в целом все машины серии YX600 остаются желанным объектом для поклонников японской классики.