Более распространённая и долгоживущая модификация скутера с кузовным индексом 3VR и двигателем серии 3WF. По сравнению с первой версией 3VP данная модификация выпускалась дольше и чаще встречается на вторичном рынке, включая японские контрактные экземпляры.
Двигатель - двухтактный, одноцилиндровый, с воздушным охлаждением и лепестковым клапаном впуска. Трансмиссия - вариатор с ременным приводом на заднее колесо. Передний тормоз в этой версии выполнен дисковым.
Модификация Yamaha YA90 с индексом рамы 3VR и двигателем 3WF выпускалась с 1992 по 1999 год и стала самой массовой версией скутера. Машина сохранила компактные габариты и вариаторную трансмиссию, при этом получила дисковый передний тормоз.
Скутер оснащён двухтактным одноцилиндровым двигателем объёмом 90 см³ с воздушным охлаждением. Мощность по разным данным составляет около 8.3-8.5 л.с. Такая конструкция обеспечивает достаточную динамику для городских поездок при экономичном расходе топлива.
