В 2004 году Yamaha выпустила обновленную версию VP300 с новыми кодами модели: 1S61 (2004), 1S63 (2005) и 1S64 (2006). Основные изменения коснулись внешнего вида - скутер предлагался в цвете Black Metallic X. Был увеличен объем топливного бака до 11,8 литра.
Техническая начинка осталась прежней: жидкостный двигатель 264 см³ с мощностью около 20 л.с., автоматическая трансмиссия CVT, дисковые тормоза. Вместе с тем производитель изменил конструкцию передних тормозных колодок и внес корректировки в настройки подвески для улучшения комфорта.