В 2020 году Yamaha провела глубокое обновление MT-125. Модель получила новый двигатель с системой изменения фаз газораспределения VVA (Variable Valve Actuation), заимствованной у YZF-R125. Система переключает профиль впускного распредвала на 7400 об/мин, обеспечивая широкий диапазон крутящего момента.
Двигатель: 124,7 куб. см, мощность 15 л.с. (11 кВт) при 10000 об/мин, крутящий момент 11,5 Нм при 8000 об/мин. Увеличенный воздушный фильтр (5,5 л вместо 2,9 л), дроссельная заслонка 30 мм (была 28 мм). Ассистент сцепления (Assist & Slipper Clutch) облегчает работу рычагом и предотвращает блокировку заднего колеса при резких переключениях вниз.
Рама - стальная Deltabox с алюминиевым маятником, колёсная база уменьшена до 1325 мм. Угол наклона вилки 26°, вынос 95 мм. Задняя шина расширена до 140/70-17. Топливный бак уменьшен до 10 л из-за увеличенного воздушного фильтра.
С 2023 года модель получила 5-дюймовый цветной TFT-дисплей с подключением к смартфону через приложение MyRide и систему контроля тяги (TCS).