Первое поколение Yamaha MT-03 было представлено в 2015 году на выставке EICMA и поступило в продажу в 2016 году. Модель была создана как бюджетная версия нейкеда на базе популярного спортбайка YZF-R3.
Ключевые особенности первого поколения включали обычную телескопическую вилку диаметром 41 мм, галогеновую фару и простую приборную панель. Двигатель был полностью заимствован у R3 без изменений - 2-цилиндровый рядный мотор объемом 321 см³ мощностью 42 л.с.
Дизайн MT-03 первого поколения уже имел характерные черты семейства Hyper Naked - агрессивную "маску" с узкими фарами, рельефный топливный бак и боковые воздухозаборники. Однако по сравнению с последующими версиями выглядел более просто.
Мотоцикл быстро завоевал популярность среди новичков благодаря понятному характеру двигателя, низкой посадке и отличной маневренности. В 2017-2019 годах модель выпускалась без существенных изменений, лишь с обновлением цветовых схем.