В 2016 году Yamaha обновила скутер, переименовав его в Xenter 125 (заводские коды 53B5, 53B6, 53B7). Модель получила систему Unified Brake System (UBS), которая при задействовании заднего тормоза одновременно активирует часть усилия на переднем тормозе для более безопасного замедления.
Двигатель остался прежним - 125 см³, 12,5 л.с., жидкостное охлаждение, 4 клапана, инжектор. Модель соответствовала экологическому стандарту Euro 4. Приборная панель была модернизирована - появился более яркий LCD-дисплей. Цветовая гамма пополнилась оттенками Gray Metallic M, Bluish White Cocktail 1 и Mat Dark Grayish Leafgreen ME 2.
Выпуск модели завершился около 2020 года.