В 2003 году FZS1000 получил первый значительный рестайлинг. Главные изменения: вместо надписи YAMAHA на баке появился логотип tuning fork. Рама стала темно-серой (почти черной). Появилась версия FZS1000S с двигателем черного цвета (в цветах желтый/черный и позже серебристый). Фары теперь включались автоматически при запуске - выключатель света убрали. Замок зажигания стал 5-проводным.
Цвета 2003: Reddish Yellow Cocktail 1 (желтый/черный) для FZS1000S; Dark Purplish Blue Metallic L (синий) и Silver 3 (серебристый) для FZS1000. Цвета 2004: Bluish Silver 4 (серебристый/черный) для FZS1000S; Dark Purplish Blue Metallic L и Silver 3 для FZS1000. С этого года выпускалось особое издание "Skunk" (США) в черно-бело-серой гамме.