В 2006 году Yamaha выпустила финальное обновление линейки Jog CV50. Из-за ужесточения экологических норм мощность двигателя была снижена до 6,3 л.с. (4,6 кВт) при 7000 об/мин, крутящий момент - до 6,6 Н·м при 6500 об/мин. Был установлен новый карбюратор Y14P, расход топлива составил 58 км/л (по японскому циклу 30 км/ч).
В линейку добавилась версия CV50ZII - спортивная модификация без пульта дистанционного управления, что сделало её более доступной. CV50ZII и CV50ZR имели увеличенную ширину (670 мм), высоту по седлу (730 мм), дорожный просвет 90 мм и сухой вес 71 кг.
CV50ZR 2006 года получила красный тормозной суппорт спереди и красные пружины заднего амортизатора для более агрессивного внешнего вида. Доступные цвета: Black Metallic X и Radical White.