В 2013 году Honda провела последнее обновление CBF250. Главным техническим изменением стала замена карбюратора на систему впрыска топлива PGM-FI (Programmed Fuel Injection). Это позволило снизить расход топлива и выбросы, а также улучшить холодный пуск двигателя.
Внешне модель получила обновлённую приборную панель с более современным дизайном и новую цветовую гамму. Мощность двигателя осталась на прежнем уровне - около 22 л.с. Производство модели продолжалось до 2016 года, после чего CBF250 была снята с конвейера.