Второе поколение Yamaha Slider Naked 50 выпускалось с 2005 по 2016 год. Модель получила значительные обновления: каталитический нейтрализатор в выпускной системе для соответствия экологическим нормам Euro 2, новый дизайн с двойными фарами, руль в стиле MTB (горный велосипед) и 12-дюймовые колёса спереди и сзади.
Версия Naked отличалась более агрессивным внешним видом с открытыми элементами рамы и минималистичным обвесом. Снаряжённая масса увеличилась до 81 кг (сухой вес около 75 кг). Карбюратор был заменён на Dell'orto PHBN 12. Мопед получил защитные накладки на кузове для предотвращения повреждений при активной езде в городе.
Цветовые решения включали белый, чёрный, синий, красный и серый варианты в разные годы. Модель оснащалась цифровой приборной панелью и датчиком уровня топлива.