В 2008 году Yamaha представила второе поколение Neo's с существенно обновлённым дизайном. Скутер получил новую переднюю часть с изменённой оптикой, полностью цифровую приборную панель, выдвижные подножки для пассажира и доработанный багажник под седлом. Рама была модифицирована.
Двигатель остался двухтактным, воздушного охлаждения, объёмом 49 см³. Для соответствия нормам Euro 3 была добавлена система вторичного воздуха. Мощность - около 2,85 л.с. (2,1 кВт) при 6750 об/мин. Снаряжённая масса - 88 кг.