В 1997 году Yamaha провела небольшой рестайлинг модели CY50. Внешние изменения включали новые цвета и графику. Технически модель осталась прежней - тот же 49-кубовый двухтактный двигатель с воздушным охлаждением. Модель выпускалась до 2001 года, после чего была снята с производства в Северной Америке, хотя в других регионах продолжала выпускаться.
В 1997 году также изменился ремень вариатора (новый номер 4JP-17641-00 вместо 3KJ-17641-00).
В 1997 году Yamaha обновила дизайн Cygnus 50 (Jog CY50). Модель получила новые варианты окраски и незначительные изменения в отделке. Техническая начинка осталась прежней: двухтактный двигатель объёмом 49 см³ мощностью 6,8 л.с., вариатор CVT, барабанные тормоза.
В 1997 году был изменён ремень вариатора. Модель выпускалась до 2001 года. В Северной Америке производство завершилось в 2001 году, однако в других странах модель продолжала выпускаться и после этой даты.
Yamaha Cygnus 50 (CY50 / 3RY) 1993-2001 - спортивная версия
Спортивная модификация с индексом 3RY (CY50Z), оснащённая передним дисковым тормозом и улучшенной подвеской. Выпускалась параллельно с базовой версией.
Yamaha Cygnus 50 (CY50 / 3KJ) 1992-1996
Первая версия третьего поколения Jog с новым горизонтальным 49-кубовым двухтактным двигателем Minarelli, новой рамой и багажником под сиденьем. Модель получила индекс 3KJ.
