С начала 1990-х годов Yamaha Badger получал ежегодные обновления, отражённые в смене заводских индексов - YFM80D, YFM80G, YFM80J, YFM80L, YFM80M и другие. Изменения касались главным образом внешнего вида: новых расцветок пластика и графики. Технически квадроцикл сохранял тот же 79-кубовый воздушного охлаждения двигатель, трёхступенчатую механическую коробку без реверса и карданный привод, что и в первой версии.
Производство модели в этой конфигурации продолжалось до 2002 года, после чего Yamaha сосредоточилась на более современных юношеских квадроциклах.