В 2006 году Honda провела масштабное обновление TRX 450R. Двигатель был полностью переработан: диаметр цилиндра увеличен до 96 мм, ход поршня уменьшен до 62 мм, степень сжатия повышена до 12:1. Новый поршень с короткой юбкой и титановые впускные клапаны позволили увеличить мощность до 39-41 л.с.
Карбюратор заменён на Keihin FCR 40 мм с плоской заслонкой. Появилась опция электростартера (модификация TRX450ER). Маятник удлинён на 15 мм, ход задней подвески увеличен с 229 до 240 мм. Положение водителя опущено на 8 мм. Изменены передаточные числа коробки передач.
В 2007 году механических изменений не было, добавлены новые цвета: белый и Black/Flame для версии с электростартером.