Первое и единственное поколение Honda CLR125 CityFly выпускалось с 1998 по 2003 год без существенных технических изменений. Модель базировалась на двигателе от внедорожной Honda XLR125 - четырёхтактном одноцилиндровом моторе объёмом 124 куб. см с воздушным охлаждением и верхним распредвалом. Мотоцикл получил стальную трубчатую раму Diamond, телескопическую вилку спереди и моноамортизатор сзади.
За шесть лет производства изменения касались преимущественно цветовых схем и графики. Модель предлагалась в различных расцветках с металлическим серым, чёрным, оранжевым и зелёным акцентами. Помимо версии 125 куб. см, на некоторых рынках была доступна версия объёмом 49 куб. см для категории мопедов. Производство было прекращено в 2003 году, после чего модель не имела прямого преемника в модельном ряду Honda.