В 2006 году Arctic Cat ATV 50 получил существенное обновление. Главным изменением стала замена двухтактного двигателя на более современный четырехтактный SOHC с двумя клапанами. Рабочий объем составил 49.1 куб. см (диаметр цилиндра 39 мм, ход поршня 41.1 мм). Новый двигатель работал на чистом бензине без необходимости смешивания с маслом, что упростило эксплуатацию.
Значительно улучшилась тормозная система: спереди остались барабанные тормоза, но сзади появился гидравлический дисковый тормоз, обеспечивающий более эффективное и предсказуемое замедление. Также был добавлен кик-стартер в дополнение к электростартеру, что позволяло завести двигатель даже при разряженной батарее.
Подвеска получила регулировку предварительного натяга пружин как спереди, так и сзади. Ход задней подвески был уменьшен до 74 мм. Сухой вес увеличился до 104-108 кг в зависимости от версии. Колесная база выросла до 975 мм. Объем топливного бака увеличился до 5.5 литра.
В 2008 году модель была отозвана из-за потенциальной проблемы с контроллером скорости (около 6000 единиц), но проблема была устранена бесплатно у дилеров. Производство модели завершилось в 2008 году.